INTRODUZIONE AI PROGRAMMI PER L’ALLINEAMENTO DI SEQUENZE NUCLEOTIDICHE

 Il progetto intende fornire allo studente le competenze di base per l’uso di software di assembly e di allineamento di sequenze utilizzando, come caso d’uso, i dati di sequenziamento massivo di tipo RNA-seq di alcune specie di anfibi di interesse per la conservazione della biodiversità.

Obiettivi formativi

Il progetto si propone di assemblare il trascrittoma (mediante l’utilizzo di algoritmi di assembly) delle specie selezionate per poi annotare lo stesso in banca dati (mediante l’utilizzo di algoritmi di allineamento di sequenze in banca dati), per osservarne il grado di similarità delle sequenze dei trascritti assemblati con sequenze note. Particolare attenzione verrà posta sulle tecniche di allineamento per omologia.

Risultato finale atteso

Alla fine del progetto, lo studente saprà scegliere ed utilizzare gli algoritmi di assembly e di allineamento più opportuni per l’analisi dei dati di sequenziamento massivo RNA-seq.

Dettagli operativi del progetto

Ciascun incontro previsto per il progetto sarà articolato in una introduzione teorica seguita dal lavoro al calcolatore.

Strumenti e materiali previsti

Strumenti del dipartimento DEB (server di calcolo del Centro di Bioinformatica). Inoltre, agli studenti sarà fornito il materiale didattico in formato cartaceo o elettronico.

Soggetti coinvolti e tempistiche

La referente del progetto si occuperà sia della parte introduttiva sia di seguire il lavoro al calcolatore, eventualmente coadiuvata da un tutor. Sono previsti quattro incontri da 4 ore (11.30-13.30; 14.30-16.30) presso il dipartimento di Scienze Ecologiche e Biologiche (Via S. Camillo de Lellis, Viterbo). L’attività potrà essere svolta prima del mese di marzo.